常熟古稱琴川、海虞、南沙等，簡(jiǎn)稱虞、虞城。
商末為勾吳北境。西周時(shí)期，常熟地方屬吳國(guó)。春秋戰(zhàn)國(guó)時(shí)，先后屬越、楚、秦。秦代常熟屬會(huì)稽郡吳縣。
西漢時(shí)期，常熟境內(nèi)設(shè)有虞鄉(xiāng)。東漢時(shí)屬吳郡吳縣，境內(nèi)有虞鄉(xiāng)、南沙鄉(xiāng)，在南沙鄉(xiāng)設(shè)司鹽都尉，是地方設(shè)吏治的開始。三國(guó)時(shí)期，虞鄉(xiāng)設(shè)有虞農(nóng)都尉。
西晉太康四年（283年），以虞鄉(xiāng)設(shè)置海虞縣，縣治設(shè)海虞城（今虞山街道），常熟境域開始有縣治。東晉咸康七年（341年），在南沙鄉(xiāng)建立南沙縣，隸屬晉陵郡。
南朝齊永泰元年（498年），海虞縣北境設(shè)置海陽(yáng)縣，隸于晉陵郡。南朝梁大同六年（540年），南沙之地置常熟縣，縣治設(shè)南沙城（今海虞鎮(zhèn)福山），隸于信義郡，常熟縣名由此始。
隋朝建立后變州、郡、縣三級(jí)制為州、縣兩級(jí)，廢信義郡，以海陽(yáng)、前京、信義、興國(guó)、海虞、南沙六縣并入常熟縣，縣治設(shè)南沙城，隸屬吳州（今蘇州）。開皇九年（589年），以常熟縣置常州，設(shè)常州理。不久，常州理移至?xí)x陵縣，常熟復(fù)為縣，隸于蘇州。
唐代武德七年（624年），常熟縣治由南沙城移至海虞城。
元代元貞元年（1295年），常熟縣升為常熟州（中州），屬平江路。
明代洪武二年（1369年）常熟州復(fù)為縣，隸蘇州府。
清代雍正四年（1726年），常熟縣析分為常熟、昭文兩縣，同城分治。
1911年辛亥革命后，常熟、昭文兩縣合并為常熟縣。
1949年4月27日，常熟解放。5月，以常熟縣城區(qū)及近郊設(shè)常熟市，市、縣合署辦公。1958年4月，撤銷常熟市，常熟市境歸常熟縣管轄。
1983年1月18日，常熟縣建置撤銷，常熟全境設(shè)立常熟市（縣級(jí)），歸蘇州市管理。2024年，常熟市人民政府所在地為虞山街道金沙江路8號(hào)。
