市水務局設下列內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔信息、安全、保密、檔案、政務公開、機關績效管理和水文化建設等工作；負責機關并指導所屬單位的干部人事、機構編制、隊伍建設等工作；指導全市水務行業人才工作和職工隊伍建設；督促檢查水務重大政策、決策部署和重要工作的貫徹落實情況；負責機關離退休干部工作，指導所屬單位的離退休干部工作；完成上級交辦的其他工作。
（二）規劃建設科（政策法規和行政審批科)。擬訂全市水務發展規劃，組織編制全市水務綜合規劃、專業規劃、專項規劃并監督實施；參與市際邊界水務規劃協調；擬訂市級水務固定資產投資計劃并組織實施；承擔重大水務項目建設的統籌、協調和推進等工作；組織指導有關防洪論證工作；按規定組織編制、審核和審批水務項目規劃同意書、項目建議書、可行性研究報告、初步設計報告及概算等；配合做好重大項目的移民安置工作；承擔水務統計工作；組織編制水務科技、水務信息化發展規劃；負責水務科技項目和科技成果管理工作，組織水務科學技術研究、技術引進和技術推廣；監督實施水務行業技術標準和規程規范；指導全市水務科技和水務信息化工作；負責部門信息化管理，落實信息共享工作；負責水務行業對外合作與交流工作；指導全市水務建設管理工作，負責市重點水務工程建設的驗收；指導水務建設市場的監督管理和水務建設市場信用體系建設；組織起草有關地方性政策文件草案，負責規范性文件的合法性審查、備案并監督實施；組織開展有關水務改革與發展的政策研究，指導法治水務建設和依法行政工作；承辦局行政復議、行政訴訟和行政賠償工作；指導水務系統法治宣傳教育和普法宣傳工作；根據法律法規、國家、省和蘇州市有關文件以及江蘇省部門行政權力清單，負責本部門行政審批事項的有關工作，并限時辦結；指導全市水務行業政風行風和便民服務工作；完成上級交辦的其他工作。
（三）財務審計科。指導水務系統財務會計工作；負責編制市級水務部門預算并監督執行；負責市級水務資金的使用及監督管理；指導水務行業國有資產的監督管理工作；提出有關水務價格、收費、基金、信貸的建議；負責局機關及所屬單位財務管理和集中記帳工作；負責機關并指導所屬單位勞動工資工作；負責所屬單位內部審計和內管領導干部任期經濟責任審計工作；負責市重點水務工程建設項目法人及招投標活動的監督管理；完成上級交辦的其他工作。
（四）工程運行管理和生態河湖科。指導全市水利設施的管理、保護和綜合利用；指導水旱災害防御和水量調度工作；指導監督跨區域調水工程的調度管理等工作；負責河湖生態流量水量調度管理；組織編制水利工程運行調度方案，指導泵站、堤防、水閘等水利工程的運行管理與確權劃界；負責市級水利工程（含城市防洪工程）的運行管理；指導全市水域及其岸線的管理和保護，指導骨干河道、湖泊的開發、治理和保護；指導河湖水生態保護與修復以及河湖水系連通工作；會同相關部門指導全市河湖保護規劃編制工作；指導河湖采砂規劃和計劃的編制并監督實施；指導退圩還湖工作；完成上級交辦的其他工作。
（五）供排水科。負責全市供排水行業監管和城鄉飲水安全，負責編制全市供水和生活污水治理專項規劃，協助編制區域性供排水規劃；開展全市供水水質監督管理工作；參與供水水價規劃和水價調整工作；參與污水處理費規劃和價格調整工作；組織實施污水處理費征收；參與制定全市供排水工程計劃；組織開展全市供排水工程建設；負責全市供排水設施運行監管；指導供水調度和承擔生活污水調度以及監督實施工作；指導全市供排水特許經營工作；負責水源地日常監測；負責全市供排水綜合協調工作；指導供排水突發公共事件的應急管理工作；指導雨洪資源利用的工程建設與管理；負責全市城鄉生活污水治理管理工作；指導全市控源截污、雨污分流和黑臭水體整治工作；配合做好城市排水防澇以及初期雨水污染治理工作；協助水環境治理工作；完成上級交辦的其他工作。
（六）水資源和河湖長制改革科。承擔實施最嚴格水資源管理制度相關工作，指導開展水資源有償使用工作；依法收取水資源費等規費；組織水資源承載能力監測預警工作；組織編制并發布市水資源公報；指導水量分配工作并監督實施；指導河湖生態流量水量管理；協助編制水資源保護規劃，負責飲用水水源保護有關工作；按規定做好飲用水源地設置相關工作；負責地下水開發利用和地下水資源管理和保護，組織指導地下水超采區綜合治理；參與編制水功能區劃和指導入河排污口設置管理工作；指導全市節約用水工作，擬訂全市節約用水政策，編制并協調實施節約用水計劃，監督實施行業用水標準、用水總量、用水效率控制和定額管理制度；指導和推動全市節水型城市、節水型社會建設工作；會同有關部門指導農業節水工作；指導城市污水處理回用等非常規水源開發利用工作；承擔常熟市全面深化河長制改革工作辦公室的日常工作；負責河長制工作的組織實施，研究制定相關管理規定，安排年度工作任務；督促總河長、河長確定事項的落實，對河長制工作和河長履職情況進行檢查、評價、考核，協調處理跨行政區域河道相關河長制工作；承擔河長制培訓、宣傳、信息工作，建立河長制管理信息化系統；指導全市水環境治理；完成上級交辦的其他工作。
（七）農村水利和水土保持科。指導全市圩區建設、節水灌溉、農村橋梁建設規劃、農村河道疏浚整治和生態河道等工程建設與管理工作；配合相關部門做好農業水價綜合改革工作；指導農村水利改革創新工作；指導農村水利社會化服務體系建設工作，指導水土保持工作；協助編制水土保持規劃并監督實施，指導水土流失綜合防治、監測預報并定期公告，指導生產建設項目水土保持監督管理工作；指導市重點水土保持建設項目的實施；負責水土保持監測和信息化應用工作，組織全市水土保持監測網絡的建設和管理，負責全市水土流失調查、動態監測、預報并公告；完成上級交辦的其他工作。
（八）安全生產監督管理科。統籌協調本部門、行業安全生產監管工作，健全落實安全管理制度；組織實施水務工程安全監督；承擔水務行業安全生產監督管理工作；組織或參與制定水務行業安全管理規程規范；負責市屬水務工程管理單位的安全監管和重點建設項目的安全監督；配合重點水務工程建設項目稽查工作；組織或參與重大水務安全生產事故的調查處理；組織開展水務行業安全生產宣傳教育培訓；推進安全生產標準化建設管理工作；完成上級交辦的其他工作。
（九）行政執法科。負責全市水行政執法工作，依法依規查處水事違法案件，協調處理水事糾紛；依法對全市水事活動進行監督檢查，對違反水法律法規的行為進行查處；配合公安、司法機關查處相關水事治安、刑事案件；組織打擊長江非法采砂；指導全市水行政執法隊伍建設；依法對水事行政性規費征收情況進行監督檢查；完成上級交辦的其他工作。
機關黨委。負責機關和所屬單位黨建、內部監督、信訪、教育培訓等工作，指導全市水務行業黨建、精神文明和作風建設工作。
